Kitcorpuz
- Hoe installeer ik de nieuwste versie van Gromacs?
- Hoe download en installeer ik Gromacs?
- Hoe installeer ik Gromacs op Windows 10?
- Hoe voer ik Gromacs uit in Linux?
- Wat is de nieuwste versie van Gromacs?
- Hoe controleer ik de Gromacs-versie??
- Hoe installeer ik Gromacs?
- Hoe download en installeer ik Cmake?
- Hoe installeer ik Gromacs met GPU-ondersteuning?
- Hoe download ik Gromacs in Linux?
- Hoe gebruik je Gromacs?
- Hoe Gromacs Linux verwijderen?
Hoe installeer ik de nieuwste versie van Gromacs?
Als alternatief kunt u de GROMACS-regressietestsuite downloaden en uitpakken https://ftp.grmacs.org/regressietests/regressietests-2021.2.teer.gz tarball zelf en gebruik de geavanceerde cmake-optie REGRESSIONTEST_PATH om het pad naar de uitgepakte tarball te specificeren, die dan zal worden gebruikt voor het testen.
Hoe download en installeer ik Gromacs?
Als alternatief kunt u de GROMACS-regressietestsuite downloaden en uitpakken http://gerrit.grmacs.org/download/regressietests-2020.teer.gz tarball zelf en gebruik de geavanceerde cmake-optie REGRESSIONTEST_PATH om het pad naar de uitgepakte tarball te specificeren, die vervolgens zal worden gebruikt voor het testen.
Hoe installeer ik Gromacs op Windows 10?
Procedure
- Download de GROMACS-broncode en pak deze ergens uit.
- Voer CMake GUI uit.
- Stel de broncodemap in "Waar is de broncode" ...
- Stel een andere locatie in om de ingebouwde GROMACS in "Waar de binaire bestanden te bouwen" te plaatsen ...
- Klik op Configureren. ...
- Configure stopt omdat het FFTW niet kan vinden.
Hoe voer ik Gromacs uit in Linux?
Voer invoerbestand uit (.
De volgende stap is het combineren van de moleculaire structuur (gro-bestand), topologie (topbestand) MD-parameters (mdp-bestand) en (optioneel) het indexbestand (ndx) om een run-invoerbestand te genereren (tpr-extensie). Dit bestand bevat alle informatie die nodig is om een simulatie te starten met GROMACS.
Wat is de nieuwste versie van Gromacs?
GROMACS
| Ontwikkelaar(s) | Rijksuniversiteit Groningen Koninklijk Instituut voor Technologie Uppsala University |
|---|---|
| Stabiele vrijlating | 2021.2 / 5 mei 2021 |
| Opslagplaats | gitlab.com/gromacs/gromacs.git |
| Geschreven in | C++, C, CUDA, OpenCL, SYCL |
| Besturingssysteem | Linux, macOS, Windows, elke andere Unix-variant |
Hoe controleer ik de Gromacs-versie??
Typ gewoon "pdb2gmx" in de terminal en u krijgt alle vereiste informatie te weten.
Hoe installeer ik Gromacs?
Als alternatief kunt u de GROMACS-regressietestsuite downloaden en uitpakken http://gerrit.grmacs.org/download/regressietests-5.1.4.teer.gz tarball zelf en gebruik de geavanceerde cmake-optie REGRESSIONTEST_PATH om het pad naar de uitgepakte tarball te specificeren, die vervolgens zal worden gebruikt voor het testen.
Hoe download en installeer ik Cmake?
II- CMake installeren
Download de Windows (WIN32-installatieprogramma). U krijgt een bestand met de naam cmake-version-win32-x86.exe. Voer het uit en volg het installatieproces. Zorg ervoor dat u CMake toevoegen aan de systeem PATH-optie selecteert.
Hoe installeer ik Gromacs met GPU-ondersteuning?
CUDA-toolkit downloaden
Selecteer nu de nieuwste versie van de CUDA-toolkit volgens uw systeem vanaf hier. Download het lokale run-bestand met de volgende opdracht:. Het run-bestand bevat alle essentiële componenten die moeten worden geïnstalleerd. Ga naar de map waar u het installatieprogramma wilt downloaden.
Hoe download ik Gromacs in Linux?
- Beginnen. Als je Ubuntu net hebt geïnstalleerd, vergeet dan niet om je repository-informatie en softwarepakketten in je systeem bij te werken. ...
- Installatie. De eerste stap bij het installeren van Gromacs is om cmake te krijgen. Typ in de terminal: sudo apt-get install cmake. ...
- Eenvoudige methode:. ...
- Reguliere installatie.
Hoe gebruik je Gromacs?
De GROMACS-tool voor initiële installatie gebruikt de PDB-invoer om drie bestanden te maken die nodig zijn voor MD-simulatie.
...
Opstelling
- maak een 'topologie'-bestand.
- zet een PDB-eiwitstructuur om in een GRO-bestand, met de structuur gecentreerd in een simulatiebox (eenheidscel)
- maak een positiebeperkingsbestand aan.
Hoe Gromacs Linux verwijderen?
Voor het verwijderen van dit pakket kunt u eenvoudig de opdracht apt gebruiken en het pakket uit het Linux-besturingssysteem verwijderen. Dit zal grmacs en al zijn afhankelijke pakketten verwijderen die niet langer nodig zijn in het systeem. Bovenstaande opdracht verwijdert alle configuratiebestanden en gegevens die zijn gekoppeld aan het Gromacs-pakket.
